Музей в Новороссийске основан 7 июля 1916 г., по инициативе Л.А.Сенько-Поповского – вице-губернатора Черноморской губернии, как Музей природы и истории Черноморского побережья Кавказа. Торжественное открытие экспозиции состоялось 27 декабря 1916 г. Главным источником средств на содержание и развитие музея были добровольные пожертвования лиц, сочувствующих процветанию музея.


С установлением Советской власти в Новороссийске музей перешёл в ведение Городского Совета. В организации его работы принимали участие и пополняли его коллекции режиссер В.Э.Мейерхольд и писатель Ф.В.Гладков. С 1921 по 1933 г.г. сначала хранителем, а затем заведующим музеем был Чайковский Георгий Федосеевич, автор многих статей о древностях Анапы и Новороссийска, делегат всех съездов археологов Северного Кавказа.

К началу Великой Отечественной войны фонды Новороссийский краеведческий музей насчитывали около 7000 экспонатов, научно-историческая библиотека – 44 500 книг. Экспозиция музея располагалась в шестнадцати залах.


В годы Великой Отечественной войны музей потерял почти всё. Помещения были разрушены, фонды разграблены, погибла научная библиотека. С помощью учителя Г.П. Алексаняна только несколько ящиков с частью археологических коллекций и документального фонда успели эвакуировать в г. Тбилиси.

Музей начал своё возрождение с января 1944г. Директор музея В.М. Миронова усиленно добивалась выделения пригодного помещения, город лежал в руинах. К маю 1944г. горисполком подыскал помещение в одном из уцелевших домов по ул. Коммунистической. В сентябре вернулись эвакуированные в Тбилиси экспонаты, а 7 ноября музей открылся для посетителей. В экспозицию вошли не только сохранившиеся экспонаты, но и собранные после освобождения города.

В 1952 г. музей получил часть своего довоенного помещения по ул.Советов, 40 и в июле 1953 г. открыл новую экспозицию. В 1958 г. музей переехал в большое (по тому времени) помещение по ул.Советов,58.

В 1954 г. под руководством археолога-антиковеда, доктора искусствоведческих наук, Владимира Дмитриевича Блаватского начались раскопки Раевского городища. Благодаря интересам учёных Института Археологии Академии наук СССР к древним поселениям на Чёрном море, археологические исследования в районе Новороссийска стали регулярными.

За прошедшие годы значительно увеличились фонды музея – сейчас они насчитывают более 150 тыс. музейных предметов основного фонда. Они дают полноценную и разностороннюю картину истории развития Новороссийска и района с момента первых поселений людей на этой территории до сегодняшнего дня.

Археологические коллекции насчитывают более 20 тыс. предметов и продолжают пополняться благодаря ежегодным археологическим экспедициям.

Античное собрание музея состоит из уцелевших экземпляров довоенных фондов и материалов раскопок Раевского городища (IV в. до н.э.), античных поселений в сёлах Широкая Балка, Мысхако, Цемдолина, а также прилегавших к ним некрополям.


В «Золотой кладовой» музея представлены изделия из драгоценных металлов. Видное место среди них занимают предметы, найденные при археологических раскопках в районе Новороссийска. Это серьги, броши-фибулы, перстни с геммами, отделанное золотом и серебром оружие и конская сбруя. Многообразна коллекция монет Пантикапея, Боспорского царства.