Таганрогский историко-краеведческий музей создан по постановлению Городской Думы 22 июня 1898 г. Расположен в бывшем доме одного из крупнейших домовладельцев Таганрога Н.Д.Алфераки (объекте культурного наследия регионального значения). Здание построено в 1848 году по проекту известного петербургского архитектора А.И. Штакеншнейдера в стиле эклектики. В 1927 году здание было передано музею. В течение XX века экспозиция музея, да и само здание претерпели изменения. В 1989 – 1996 гг. были проведены реставрационные работы, позволившие во многом восстановить первозданный облик дворца. В 1995 – 1996 гг. открыта ныне действующая экспозиция.


Археологическая коллекция  музея-заповедника насчитывает 78 585 ед. хр.

Первые археологические  находки  таганрогский музей  получил в  1903 году из Санкт-Петербурга в дар от Императорской Археологической комиссии.

Большая часть  коллекции фонда представлена находками из раскопок памятников каменного века, охватывающая почти все древнейшие памятники Северо-Восточного Приазовья. Палеолитические и неолитические коллекции(100 – 7 тыс. лет назад)  являются наиболее полными для юга России. Материалы этих коллекций отражают процесс становления человека современного типа, отражают пути заселения древнейшими людьми не только Приазовья, но и  Восточно-Европейской равнины. Находки из раскопок курганов  в Северо-Восточном Приазовье, в районе  междуречья Маныча и Сала, раскрывают особенности заселения кочевых обществ в III-II тыс. до н.э. Материалы разведок и курганных погребений из Неклиновского, Матвеево-Курганского и Куйбышевского районов отражают развитие земледельческо-скотоводческих хозяйств в эпоху бронзового века. Фонд располагает интересными  экземплярами лепных, орнаментированных сосудов ямной, срубной и катакомбной культур периода бронзы, а также находками из кости, бронзы и камня.

Музей располагает значительными материалами из раскопок Нижне-Гниловского городища и Танаиса,  отражающими начало изучения самого Танаиса, как  самого северного торжища варваров и его сельской округи, населённой меотами. Сарматские древности  представлены в коллекции фонда двумя яркими погребальными комплексами сарматской знати: кургана у х. Красный Кут, где найден бронзовый римский кувшин и комплекс находок из Кобяковского могильника( I-II вв.). Материалы из раскопок курганов у х. Семёнкин Волгодонского района отражают  раннюю историю заселения Нижнего Дона и Приазовья савроматами.
Раскопки на Семикаракорском городище могут рассказать об истории народов, входивших в состав Хазарского каганата в VIII-X вв. 
Фонд располагает находками (XI-XIII вв.) с поселения Куричи, свидетельствующими о древнерусской колонизации Северо-Восточного Приазовья. История Золотой Орды может быть раскрыта на материалах кочевнического могильника у х. Семёнкин и  находках  из отдельных курганов на территории Неклиновского,  Матвеево-Курганского и Цимлянского районов.

Жемчужиной археологической коллекции являются материалы из сборов разных лет и раскопок первого десятилетия XXI века остатков древнегреческого поселения VII-VI вв. до н.э. у Каменной лестницы – по мнению многих археологов, легендарных Кремн. Это уникальные материалы, освещающие колонизацию Северо-Восточного Приазовья малоазийскими греками. В 2010г. завершена полевая часть большого совместного проекта Берлинского института археологии, Института археологии РАН и Донского археологического общества по раскопкам греческого Таганрогского поселения, проводившихся с 2004 г.