Открыт в 1988г. В экспозиции представлены находки из Гермнассы и Фанагории.

К экспозиции музея относится и городище «Гермонасса-Тмутаракань».

Здание и экспозиция музея решены в традициях античной архитектуры – с внутренним греческим двориком и бассейном. В бассейне в зависимости от времени суток отражаются то беломраморные колонны, то фрагменты древней расписной штукатурки. Ощущение особой свежести и поэтичности придают музею растущие в дворике под открытым небом виноград и розы.

Экспозиция насыщена интереснейшими бесценными экспонатами, свидетелями античной и древнерусской истории. Она удачно сочетает строго научный стратиграфический, т. е. послойный, показ находок в первом зале, популяризирующий в традиционно-тематических комплексах в последующих. Каждый такой комплекс объединяет предметы духовной и материальной культуры в согласии с древними мифологическими представлениями.